3.1 简 介

    查阅文献是了解科研进展最重要的途径。在科研选题和规划时,对研究项目的历史和现状,作全面查询,了解前人已经做过的工作、取得的进展、成功的经验和失败的教训,提出尚需探索的问题,同时避免和少走弯路减少重复性劳动,确保......查看详细>>

标签:基因表达序列标签(EST)数据分析

3.2.1 中文文献检索

    3.2.1.1中国期刊网全文数据库(CJFD)CJFD(网址:http://www.cnki.net/index.htm)是由清华大学等主办的,目前世界上最大的连续动态更新的中国期刊全文数据库,收集了1994年以来国内公开出版的5300种核心期刊与专业特色期刊的全文,拥有全文文献6......查看详细>>

标签:基因表达序列标签(EST)数据分析

3.2.2 外文文献检索

    3.2.2.1PubMed简介PubMed(网址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed)是美国国家医学图书馆(NLM)开发的基于网络服务的查询系统,可以免费查询MEDLINE、OLDMEDLINE以及其他相关的数据库。截至2004年10月,PubMed中共收录了4465本期刊杂志,包括......查看详细>>

标签:基因表达序列标签(EST)数据分析

3.3 文献管理

    为有效地管理和利用参考文献,美国ISIResearchSoft公司制作发行了三个商业软件:EndNote、ReferenceManager和ProCite,研究人员可根据自己的喜好选择使用。文献管理器的主要功能:●可直接连接Internet进行文献检索,下载参考文献记录,包括作者、......查看详细>>

标签:基因表达序列标签(EST)数据分析

3.4.1 dbEST

    3.4.1.1dbEST简介dbEST(网址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/index.html)是目前最大的一个公共功能性序列数据库,是由NCBI于1992年开发的专门用于收集各个研究组织递交的EST数据。截至到2004年10月15日,该数据库中已有760多个物种的24,103,541条EST序列......查看详细>>

标签:基因表达序列标签(EST)数据分析

3.4.2 UniGene

    由于一个基因表达出的mRNA有很多,由此产生的EST数据就有非常大的冗余,为了解决冗余和重叠的问题,NCBI的科学家们开发了UniGene数据库(网址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=unigene)。UniGene自动地把GenBank中的序列分类,变成一个非冗......查看详细>>

标签:基因表达序列标签(EST)数据分析

3.5 参考文献

    1.http://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_tutorial/m1001.html2.http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/journals/noprov/loftext_full_noprov.html3.http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/dbEST_summary.html4.http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=unigene5.http://ww......查看详细>>

标签:基因表达序列标签(EST)数据分析

4.1 简 介

    大规模测序得到原始的EST序列要先经过序列前处理。序列前处理是将原始序列中可能存在的污染、载体序列以及那些不考虑分析的序列(如线粒体、叶绿体、rRNA等)进行标记和屏蔽,使分析的序列比较“干净”;该步骤通常采用序列比对......查看详细>>

标签:基因表达序列标签(EST)数据分析

4.2.1 Phrap

    Phrap是一个基于swat算法,对霰弹法测序的DNA序列来进行组装的软件,在Unix的操作系统下运行。它的独特之处在于有较高的精确度,可以利用整个reads,而不仅仅是修整过的高质量的部分来组装;它寻找序列间的重叠(overlap)部分,将高质量嵌......查看详细>>

标签:基因表达序列标签(EST)数据分析

4.2.2 CAP3

    CAP3是一个应用于序列组装的程序,属第3代的CAP组装软件,较以前的版本有了一些改进:它能消除3′和5′端的低质量区域;在计算read之间的重叠时使用碱基质量信息来构建多序列的联配,从而产生一致序列,也可以利用正反向的关系确认和......查看详细>>

标签:基因表达序列标签(EST)数据分析