2.3.2 Linux

    Linux是在个人计算机和工作站上使用的Unix操作系统,提供命令行或者程序与计算机硬件之间接口的软件的核心部分。它于1991年10月5日由它的作者LinusTorvalds在赫尔辛基大学发布。Linux之所以受到广大计算机爱好者的喜爱,究其原因:一是......查看详细>>

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2.3.3 Linux与MS-DOS及Windows系统的比较

    DOS在PC机上普及最广,价格很低。Linux是免费软件,不用考虑价格。它的部分命令与MS-DOS相同或相似,如cd(..)-cd(..)、telnet-telnet。Linux可以充分发挥微处理器的功能,其多用户、多任务、网络等功能是MS-DOS所不能比的。Linux与Windows都是多任......查看详细>>

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2.3.4 建立Linux工作站

    2.3.4.1系统需求不同RedHatLinux版本,对系统的需求不同。以RedHatLinux7.1为例,安装的基本要求如下:486或者以上的CPU;256MB或者以上的内存;最少300MB的硬盘空间,如果希望完全安装,需要1GB以上的硬盘空间。2.3.4.2对硬盘进行分区分区就是把计算......查看详细>>

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2.3.5 在Linux系统下工作

    2.3.5.1启动和退出启动(登陆到服务器):方法1:打开“开始”→“运行”,键入cmd后,在跳出的窗口中键入“telnet+服务器IP地址。”登陆到服务器后,键入用户名和密码。(只能使用文字界面)方法2:用Windows下的X-server软件(如:X-win等)登陆到服......查看详细>>

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2.4.1 BLAST(basic local alignment search tool)

    BLAST为基本的局部联配搜索工具,它是大多数在线序列搜索服务器的核心算法。NCBI提供了BLAST在线服务,可以直接在网上递交一段核苷酸或氨基酸序列与NCBI的数据库比对,用户将得到反馈的结果。NCBI的数据库和BLAST软件也提供下载(ftp......查看详细>>

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2.4.2 ClustalW

    ClustalW是一个免费的、使用广泛的DNA和蛋白质多序列联配工具,其结果可以进一步用于系统发育树构建与分析。最新版本的ClustalW可以从ftp://ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalW/下载,其中有一个CLUSTALW1.83.DOS.zip的压缩文件,解压后有两个可执行......查看详细>>

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2.4.3 InterProScan

    InterPro的数据库整合了PROSITE,PRINTS,Pfam,ProDom,SMART,TIGRFAMs等数据库的信息,包含了蛋白质的功能描述和文献参考,以及与相关数据库的链接。还提供了简明的文字和序列搜索界面,对未知的序列给出综合的功能注释,如所在的基因家族、功能......查看详细>>

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2.4.4 perl(practical extraction and report language)

    2.4.4.1概述perl是一种通用编程语言。凡是其他编程语言能够使用的地方,都有它的用武之地,它能将许多元素连接在一起,因而被称为是一种“胶水语言”。perl还能执行许多有用的、复杂的程序任务。编程样式灵活,做之前无需事先声明......查看详细>>

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2.4.5 Linux系统软件安装总结

    先来看看Linux软件扩展名,软件后缀.rpm最初是RedHatLinux提供的一种包封装格式,现在许多Linux发行版本都使用;后缀.deb是DebainLinux提供的一种包封装格式;后缀.tar.gz、tar.Z、tar.bz2或.tgz是使用Unix系统打包工具tar打包的;后缀.bin的通常是一些......查看详细>>

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2.5 参考文献

    1.CynthiaG,PerJambeck.DevelopingBioinformaticsComputerSkills.OReilly&Associates2.WelshM,KaufmanL.RunningLinux.OReilly&Associates3.PeekJ,TodinoG,StrangJ.LearningtheUnixOperationSystem.OReilly&Associates4.王建桥等译.Linux24小时教程.北京:机械工业出版社,20025.胡松年,薛......查看详细>>

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