(1)从ESTcontig中得到预测的ORF蛋白序列,将它粘贴到空白框中(或在浏览栏目中链入该序列的FASTA格式文件),然后选择结果获取方式InteractiveRun,填入E-mail地址,按SubmitJob。此时,提示界面会显示程序运行状况。如果运行完成,结果将会显示在...[继续阅读]

    我们开发的UNIBLAST软件包对于科研工作者和非赢利组织完全免费。值得注意的是,如果是发表论文,那么你必须先获得BLAST、PHRAP、PERL、PERL模块的使用授权。若访问UNIBLAST网站遇到问题,请联系uniblast@genomics.org.cn。...[继续阅读]

    数据准备Blast实习的原始数据来自phrap的拼接结果:>lesson.seq.screen.Contigl>lesson.seq.screen.Contig2>lesson.seq.screen.Contig3>lesson.seq.screen.Contig4运行blastBlast输入界面(图3.2):图3.2Blast输入界面(1)在Search一栏中输入待搜索的序列,在Choosedatab...[继续阅读]

    EntrezGenome网址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=GenomeTIGRdatabases网址:http://www.tigr.org/tdb/GenBankFTPServerftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank/genomes/...[继续阅读]

    蛋白序列的结构文件,可以通过Swiss-pdbViewer,cn3d,Rasmol,MolMol等软件观看结构。根据Swiss-model预测得到的蛋白质结构如图8.8:三维结构中含有3个α螺旋、11个β折叠。图8.8预测的蛋白质结构示意图...[继续阅读]

    (网址:http://bioperl.org/)Bioperl机构成立于1995年,支持者和推动者是OpenBioinformaticsFoundation,其伙伴还有biojava.org,biopython.org,DAS,bioruby.org,biocorba.org,EnsEMBL和EMBOSS。在此之前,它们都是非正式的团体,现在已经形成了一个国际性的开发者协会。它...[继续阅读]

    下面脚本演示了Bioperl的许多特性,运行所有核心演示程序如下:>perl-wbptutorial.pl0运行分支脚本如下:>perl-wbptutorial.pl以及使用帮助信息。建议最好是每次运行一个或二个演示程序,如演示序列基本操作演示程序:>perl-wbptutorial.pl1一些...[继续阅读]

    (1)联配的结果用NJplotWIN95.exe打开(test.ph文件),如图4.7。各分支上的数据表示不同序列间差异的程度,数值越大,序列之间差异也越大。Bootstrap(1000次采样)结果如图4.8,分支处的数值表示1000次采样中有多少次符合这种树图。test.ph文件若用...[继续阅读]

    列举了与泉生热孢菌基因组分析相关的网络资源参考。...[继续阅读]

    EST(ExpressedSequenceTags)是基因组中被表达的部分,携带着完整基因的某些片段。现在Genbank中,人类EST序列已超过560万条,覆盖了全部人类基因的90%以上。国际上1994年开始应用EST数据发现新基因。ESTAnalysisPipelineSystemTM依靠优秀的算法和程序...[继续阅读]