序列的组装主要是通过计算机和基因组拼接软件包Phred-Phrap来完成的(详见第5章)。根据已测序的亚克隆片段之间的重叠序列和碱基的可靠程度,通过一定的参数设置,可以将这些亚克隆序列组装成重叠群,在4～5倍测序覆盖度下,即可得到...[继续阅读]

    从基因组工作框架图虽然可以获得许多基因组的基本信息,但基因组序列的覆盖度和碱基的精度都不够,这主要是由测序的覆盖度、文库的随机性、物理空洞及重复序列等诸多因素所造成。为了更好地对基因组进行深入的研究,需要进...[继续阅读]

    通常使用超声波打断或机械剪切的物理方法打断基因组DNA,选取一定大小的DNA片段(一般在2～3kb),以高拷贝的质粒载体pUC18为载体,构建文库。为提高文库的片段随机性,可制备不同插入片段大小的文库(如5～6kb,6～8kb等)或酶切文库。...[继续阅读]

    模板DNA是影响测序质量的主要因素,目前大多采用碱裂解法制备;其纯化则采用乙醇法、滤膜法、磁珠法等方法。2001年,安玛西亚公司推出了一种全新概念的模板制备方法——滚环复制法(RollingCircleAmplification,RCA)。它是利用噬菌体Phi2...[继续阅读]

    测序反应是影响测序质量的另一主要因素。目前常用的测序试剂主要有安玛西亚公司的ET末端标记试剂盒和ABI公司的BigDye末端标记试剂盒。影响测序反应质量的主要因素有模板的质量、测序试剂与模板及测序引物三者之间的用量比例...[继续阅读]

    样品进样量的多少会影响测序的质量:进样量过多会延迟出峰时间,甚至引起毛细管堵塞;进样量过少则会使信号过弱,导致测序背景杂峰过高。...[继续阅读]

    常用的数据处理软件包为美国华盛顿大学P.Green小组开发的PhredPhrap软件包。它主要有数据收集、碱基识别、质量评估、载体去除、拼接组装等功能。全基因组霰弹法策略的技术难点在于对海量序列数据的处理,尤其是对于重复序列含...[继续阅读]

    1.贺林.解码生命——人类基因组计划和后基因组计划.北京:科学出版社,20002.吴乃虎.基因工程原理(第二版).北京:科学出版社,20013.J.萨姆布鲁克,E.F.弗里奇,T.曼尼阿蒂斯.分子克隆实验指南(第二版).北京:科学出版社,19924.王关林,方宏筠...[继续阅读]

    PubMed(网址http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi(NationalLibraryofMedcine,缩写NLM)是美国国家医学图书馆开发的基于网络服务的查询系统。它提供免费查询MEDLINE、PREMEDLINE及其他相关数据库,其中MEDLINE收集了20世纪60年代中期以来生命科学期刊...[继续阅读]

    主要包括以下四方面内容:(1)Limits限定检索的特定领域、年龄组、性别、研究类型、Entrez或出版日期、语种、文献类型等。(2)用History浏览以前的检索。(3)用Preview/Index显示引文前预览检索结果的数目或从Index中观看并选择术语。(4)用...[继续阅读]