三氯叔丁醇影响缩宫素在溶液中分布行为的分子模拟

摘要： 目的:利用分子动力学(molecular dynamic,MD)模拟方法研究三氯叔丁醇对缩宫素在水溶液中分布行为的影响。方法:以Schr9dinger软件构建不同数量缩宫素和三氯叔丁醇与7 500个水分子的5个体系,以AMBERTOOL12设置体系力场参数,以Gromacs软件采用AMBER03力场进行10 ns的NVT模拟,记录模拟轨迹,计算均方位移(MSD)、扩散系数、氢键、相互作用残基等参数。结果:缩宫素在水中是一种逐步聚集的动态过程,500个三氯叔丁醇对10个缩宫素分散良好,增加三氯叔丁醇到1 000个分子可以导致缩宫素在三氯叔丁醇相中聚集。水中缩宫素参与聚集的氨基酸随机性较大,在三氯叔丁醇相中的聚集为首尾相互作用。三氯叔丁醇的加入可以降低缩宫素与水氢键相互作用。结论:缩宫素在水中有自聚的倾向,在适当浓度下三氯叔丁醇具有明显的分散作用。 ... （共8页）