基于Mimox工具分析幽门螺杆菌Lpp20蛋白模拟表位

摘要： 目的利用Mimox软件分析幽门螺杆菌Lpp20蛋白模拟表位的性质。方法将源于噬菌体随机肽库筛选技术获得的6个Lpp20模拟表位输入Mimox网站,参数设为默认值,进行模拟表位的比对,寻找其共同序列并分析其性质。结果从ClustalW界面比对结果看,氨基酸D、A、S、G、L在模拟表位中出现的频率较高。通过统计学的方法推导出的共同序列为-[-W][PST][LDE]H[SDE][DM]ASG-[LT][YFW][-R]-,第2位置氨基酸W(50%),第7位置氨基酸D(67%),第8位置氨基酸A(50%),第9位置氨基酸S(50%),第12位置氨基酸L(50%)的出现频率较高。通过JalView界面推导出的共同序列为-WPLHSDASG-LYR-,保守性上第6位置S(分值6)、第7位置D(分值5)、第12位置L(分值5)比较高;特异性上第6位置S(分值2.067 059)、第12位置L(分值2.529 612)、第10位置G(分值1.805 491 4)、第3位置P(分值1.761 471 6)比较高;共同性上第7位置D(66%)、第8位置A(50%)、第9位置S(50%)、第10位置G(66%)比较高。结论结合噬菌体筛选技术和生物信息学Mimox工具对抗原模拟表位进行分析并获得较全面的表位信息,为进一步确定抗原表位及研制新型表位疫苗奠定基础。 ... （共5页）